Správa toků – oblast povodí Vltavy je největší organizační jednotkou ze všech jednotek správ toků státního podniku Lesů České republiky. Dle územně-správního členění České republiky jsou obhospodařované drobné vodní toky na území krajů Jihočeského, Plzeňského, Karlovarského, Středočeského a Vysočiny. Dle hydrologického rozdělení České republiky je působností oblast povodí Vltavy a jejích přítoků: Berounky, Sázavy, Otavy a Lužnice. Organizačně je tato Správa rozdělena na tři územní pracoviště:
(o povodí Berounky byla správa toků Vltavy rozšířena v roce 2009, do té doby byla samostatnou organizační jednotkou)
Správa toků – oblast povodí Vltavy spravuje drobné vodní toky a bystřiny ve volné krajině i intravilánech obcí dle rozhodnutí o určení do správy, vydaném Ministerstvem zemědělství České republiky. Jejich správa je historicky spjatá s obhospodařováním lesních porostů. Po transformaci ZVHS se rozšířil charakter spravovaných toků o vodní toky v zemědělsky využívané krajině. Správa toků oblast povodí Vltavy spravuje necelých 12 000 km drobných vodních toků.
Správa toků vykonává správu na drobných vodních tocích převážně na území Středočeského, Jihočeského kraje a Plzeňského kraje. Na většině z nich jsou úseky, kde jeden či oba břehy zasahují do zemědělsky obhospodařovaných pozemků, nebo procházejí přímo obcemi, případně jinými sídelními útvary včetně chatových osad.
Zemědělské obhospodařování se dopouští stále chybných postupů, které mají za následek splavování ornice i hlubších vrstev půdního reliéfu. Používání těžké techniky zhutňuje vrstvy uložené ve větších hloubkách a do takových vrstev pak ani hluboká orba nepronikne. Tím se zhoršuje přirozená vlastnost půdy – vsakování vodních srážek. Následně dochází k nadměrnému odtoku a unášení splavenin do koryt vodních toků a vzniklými nánosy k snižování kapacity jejich koryt. Nedostatečným vsakováním dochází k deficitu v objemu zásob spodní vody. Na vhodnost travních pásů podél vodotečí není v dostatečné míře dbáno. Naproti tomu je pozitivní snižování dávek umělých hnojiv ať již z důvodů finančních nebo jiných.
Odtokový režim v povodích značně narušuje také výstavba dálnic a rychlostních silnic. Jedná se zejména o přerušení a změny spádových poměrů vlivem velkých zpevněných ploch a rovněž i změnou velikosti plochy jednotlivých povodí. Nejvíce srážek, téměř třetinu, dokáže zadržet travní a lesní porost. Tato retenční schopnost je rozhodujícím faktorem ovlivňujícím vznik povodní při výskytu déle trvajících nebo přívalových srážek.
V neposlední řadě je tu i působení některých vlastníků nemovitostí, kteří se starají o břehy nekatastrovaných toků na svých pozemcích a udržují pořádek podél i v korytě toku, odstraňují překážky z koryta, zpevňují břehy tak, jak jim to ukládá zákon a současně tím chrání svůj majetek. Daleko více je ale takových pobřežníků, kteří například snižují kapacitu koryt vodních toků navážením odpadů, zeminy a dalších materiálů, nebo v rámci výstavby oplocení svých nemovitostí příčně přehradí i koryto vodního toku. Taková překážka pak v případě průtoku velkých vod zachytí vodou unášené předměty, větve a rostliny a způsobí vzdutí vody a následné škody převážně na nemovitostech.
Charakter vodních toků ve správě STOPV se liší od obecně popisovaných tím, že největší spád nivelety není v pramenných úsecích, ale na dolním, případně středním úseku toku, kde se niveleta toku láme a spadá prudce do údolí toku nižšího řádu. Typickým příkladem jsou přítoky Vltavy, Berounky, Sázavy a také menších toků jako je Kocába, Chotýšanka a další. Tyto dolní části toků, které mají často charakter strží, jsou v mnoha případech obklopeny obytnou zástavbou.
Právě v těchto zastavěných územích jsou při přípravě i realizaci akcí hrazení bystřin největší problémy jak při technickém řešení, tak i při finančním zabezpečení takových akcí.
Hlavním úkolem správy toků je předcházení i odstraňování následků povodňových škod, usměrňování pobřežníků při jejich činnostech v povodích a to zejména podél vodních toků. Dalším naléhavým úkolem je protierozní ochrana koryt vodních toků a strží, která je zajišťována investičními i neinvestičními akcemi. Neméně důležitá je i oprava a údržba starých hrazenářských děl, která v mnohých případech patří mezi nejstarší v Českých zemích a rovněž i péče o břehové porosty. Protože však zatím erozi, následnému unášení a usazování splavenin zcela zabránit nedokážeme, jsou nutná opatření, která tuto činnost alespoň zmírňují. Jedním z takových opatření je výstavba retenčních přehrážek, které je nutno po naplnění vytěžit, aby nadále plnily svou funkci.
I nadále jsou budovány čistírny odpadních vod, ale zůstává ještě mnoho drobných vodních toků, které jsou znečišťovány vypouštěnými odpadními vodami. Hlavně obce jsou v této činnosti omezovány nedostatkem finančních zdrojů a závislosti na přidělení dotací. Přínosem pro zlepšení čistoty vod je stále větší omezování použití umělých hnojiv na zemědělsky obhospodařovaných pozemcích.
To je spíše podmíněno finanční situací zemědělských subjektů než environmentálním zaměřením jejich činnosti.
Činnost správy toků zajišťují správci toků, referenti pro provozní a technické činnosti, referenti pro katastr, referenti pro finanční a technické činnosti a referenti CEVT, v souladu se Zákonem o vodách č. 254/2001 Sb. a dalšími souvisejícími předpisy v platném znění.